Supplemental Material
Diese Seite enthält das Supplemental Material für die unten aufgeführten Publikationen.
Katrin Madjar and Jörg Rahnenführer:
Weighted Cox regression for the prediction of heterogeneous patient subgroups
BMC Medical Informatics and Decision Making, 2021
A file containing data and R code can be downloaded [here].
Vera Rieder, Karin U. Schork, Laura Kerschke, Bernhard Blank-Landeshammer, Albert Sickmann and Jörg Rahnenführer:
Comparison and evaluation of clustering algorithms for tandem mass spectra
J. Proteome Res., 2017
A file containing R code of clustering algorithms and measures for assessment of the quality of cluster algorithms can be downloaded [here].
Our R guide related to the manuscript can be downloaded [here].
Vera Rieder, Bernhard Blank-Landeshammer, Marleen Stuhr, Tilman Schell, Karsten Biß, Laxmikanth Kollipara, Achim Meyer, Markus Pfenninger, Hildegard Westphal, Albert Sickmann and Jörg Rahnenführer:
DISMS2: A flexible algorithm for direct proteome-wide distance calculation of LC-MS/MS runs
BMC Bioinformatics, 2017
A file containing R code of DISMS2 can be downloaded [here].
Miriam Lohr, Birte Hellwig, Karolina Edlund, Johanna Mattsson, Johan Botling, Marcus Schmidt, Jan G. Hengstler, Patrick Micke, Jörg Rahnenführer:
Identification of sample annotation errors in gene expression datasets
Archives of Toxicology, 2015
A file containing the description of the algorithms used for building and applying the sex classi fier can be found [here].
It contains the following three algorithms:
1. Algorithm for selection of suitable variables (genes, probe sets) for sex classifi cation
2. Algorithm for normalization of datasets
3. Algorithm for the sex classi fier
A file containing some additional tables can be found [here].
A file containing some additional figures can be found [here].
Marco Grzegorczyk, Dirk Husmeier:
Improvements in the reconstruction of time-varying gene regulatory networks: dynamic programming and regularization by information sharing among genes
Bioinformatics, 2011
Our Matlab implementation of the regularized cpBGe model can be downloaded [here].
A description and a worked example is available [here].
Marco Grzegorczyk, Dirk Husmeier and Jörg Rahnenführer:
Modelling non-stationary dynamic gene regulatory processes with the BGM model
Computational Statistics, 2011
A zip folder containing our Matlab implementation of the RJMCMC algorithm can be downloaded [here].
A supplementary paper providing details, which for space restrictions could not be included in the main paper, can be downloaded [here] .
Kai Kammers, Michel Lang, Jan G. Hengstler, Marcus Schmidt and Jörg Rahnenführer:
Survival models with preclustered gene groups as covariates
BMC Bioinformatics, 2011
A file containing R code for model selection and evaluation can be downloaded [here].
Birte Hellwig, Jan G. Hengstler, Marcus Schmidt, Mathias C. Gehrmann, Wiebke Schormann, Jörg Rahnenführer:
Comparison of scores for bimodality of gene expression distributions and genome-wide evaluation of the prognostic relevance of high-scoring genes
BMC Bioinformatics, 2010
A file containing R code for computing measures of bimodality and linking them to survival data can be downloaded [here].
Katharina Podwojski, Arno Fritsch, Daniel C. Chamrad, Wolfgang Paul, Barbara Sitek, Kai Stühler, Petra Mutzel, Christian Stephan, Helmut E. Meyer, Wolfgang Urfer, Katja Ickstadt, Jörg Rahnenführer:
Retention Time Alignment Algorithms for LC/MS Data must consider Nonlinear Shifts
Bioinformatics, 2009
A text file containing the R code for the regression-based alignment algorithms can be downloaded [here].
Please read the file [readme] for instructions on the usage of the R code.
The simulated data sets analyzed in the paper can be downloaded here: [Data10ppm] and [Data100ppm]
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Anfahrt & Lageplan
Der Campus der Technischen Universität Dortmund liegt in der Nähe des Autobahnkreuzes Dortmund West, wo die Sauerlandlinie A45 den Ruhrschnellweg B1/A40 kreuzt. Die Abfahrt Dortmund-Eichlinghofen auf der A45 führt zum Campus Süd, die Abfahrt Dortmund-Dorstfeld auf der A40 zum Campus-Nord. An beiden Ausfahrten ist die Universität ausgeschildert.
Direkt auf dem Campus Nord befindet sich die S-Bahn-Station „Dortmund Universität“. Von dort fährt die S-Bahn-Linie S1 im 15- oder 30-Minuten-Takt zum Hauptbahnhof Dortmund und in der Gegenrichtung zum Hauptbahnhof Düsseldorf über Bochum, Essen und Duisburg. Außerdem ist die Universität mit den Buslinien 445, 447 und 462 zu erreichen. Eine Fahrplanauskunft findet sich auf der Homepage des Verkehrsverbundes Rhein-Ruhr, außerdem bieten die DSW21 einen interaktiven Liniennetzplan an.
Zu den Wahrzeichen der TU Dortmund gehört die H-Bahn. Linie 1 verkehrt im 10-Minuten-Takt zwischen Dortmund Eichlinghofen und dem Technologiezentrum über Campus Süd und Dortmund Universität S, Linie 2 pendelt im 5-Minuten-Takt zwischen Campus Nord und Campus Süd. Diese Strecke legt sie in zwei Minuten zurück.
Vom Flughafen Dortmund aus gelangt man mit dem AirportExpress innerhalb von gut 20 Minuten zum Dortmunder Hauptbahnhof und von dort mit der S-Bahn zur Universität. Ein größeres Angebot an internationalen Flugverbindungen bietet der etwa 60 Kilometer entfernte Flughafen Düsseldorf, der direkt mit der S-Bahn vom Bahnhof der Universität zu erreichen ist.
Interaktive Karte
Die Einrichtungen der Technischen Universität Dortmund verteilen sich auf den größeren Campus Nord und den kleineren Campus Süd. Zudem befinden sich einige Bereiche der Hochschule im angrenzenden Technologiepark.
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